忍術の起源には多くの説があり、他の武術のように始祖などもはっきりしておりません。 伊賀は奈良時代以降、東大寺や興福寺などの多くの荘園がありました。

見つかっている史料から推察されるのは、忍者の起源は「悪党」であったことに 起源を求めるのが現実的です。「悪党」とは、寺院や貴族の領地である荘園に対して反抗的な行動をとった人達のことです。彼らは荘園領主に対して奇襲や撹乱などの戦法を駆使しました。

悪党の中には、修験道と関わりをもった者もおり、そこで山伏の戦法を学び、先達として各地を巡る際に情報収集を行ったことも考えられます。

鎌倉時代が終わり、室町時代に入ると、荘園を経営する寺社勢力が衰微するにつれて、悪党の活動は徐々に消失していきますが、今度はその血を引いた「地侍」が頭角をあらわします。 戦国時代、彼らは古記録に「伊賀衆」として登場し、周辺各地の戦国大名に従軍して、傭兵として京都や奈良、滋賀、和歌山へ出陣していたことがわかっており、その戦術は夜襲や密かに忍び入り火を放つことが中心であると記されています。この頃より、伊賀衆は「忍び」と呼ばれるようになります。

江戸時代に入ると、忍びと呼ばれた人々の子孫は「伊賀者」として、参勤交代の際の藩主の護衛役や国内の情報収集にあたったり、または「無足人」という農兵として帯刀を許され、各村の自治を任されたりしました。これらのことから、伊賀の忍者は誇り高き武士であったと言えます。